Η άλωση της Τραπεζούντας από τους Τούρκους σήμανε βέβαια για τον Ελληνισμό του Πόντου το τέλος της πολιτικής ελευθερίας και ανεξαρτησίας του, αλλά όχι και της εθνικής του συνείδησης. Η τελευταία δε χάθηκε, δεν έσβησε, γι αυτό και ο Ποντιακός Ελληνισμός δεν εξαφανίστηκε, όπως συνέβη με δεκάδες φυλές και εθνότητες της Μικρασίας που τούρκεψαν, που εξισλαμίσθηκαν και έλειψαν για πάντα από το πρόσωπο της ιστορίας. Οι Έλληνες του Πόντου συντηρώντας τη λαϊκή και λόγια παράδοσή τους, μόλο που είχαν χάσει την εθνική τους ανεξαρτησία, συνέχισαν να διατηρούν, κάτω από την οθωμανική κατάκτηση τη συνείδηση της ελληνικότητάς τους. Διατήρησαν τη γλώσσα και τη θρησκεία τους: Στον ανατολικό και στον κεντρικό Πόντο, ιδίως στον παραλιακό, φύλαξαν στη μεγάλη πλειοψηφία τους, την ορθόδοξη πίστη τους. Τη διαφύλαξαν είτε κατά το πλείστον, θαρραλέα και φανερά, είτε σε μικρή σχετικά κλίμακα, στα κρυφά, με την προσποίηση του διπλού θρησκευτικού προσώπου. Το δεύτερο το έκαναν σε δύσκολες καταστάσεις και περιόδους, οπότε στα φανερά παρίσταναν το μουσουλμάνο, ενώ στα κρυφά παρέμεναν χριστιανοί. Κι αυτό το πετύχαιναν έχοντας δύο ονόματα: ένα μουσουλμανικό (ψεύτικο), κι ένα χριστιανικό (το βαφτιστικό τους) κρυφά. Επίσης βαφτίζονταν, παντρεύονταν και κηδεύονταν, με δύο τελετές: μια φανερή, μουσουλμανική, και μια χριστιανική, κρυφή. Κι αυτό για δύο και παραπάνω αιώνες, διατηρώντας κρυφές εκκλησίες, κρυφά εικονίσματα, μυστικούς παπάδες και κρυμμένα ευαγγέλια. Ώσπου κάποτε όταν ήρθαν πιο ελεύθεροι καιροί, φανερώθηκαν ομαδικά. Οι κρυπτοχριστιανοί, όπως ονομάστηκαν, πήραν τότε το όνομα "κλωστοί", επειδή θεωρήθηκε από τους Τούρκους ότι άλλαξαν πίστη και από μωαμεθανοί έγιναν χριστιανοί, ενώ ποτέ δεν υπήρξαν πραγματικοί μουσουλμάνοι. Στο δυτικό Πόντο, ένα μεγάλο μέρος του Ελληνισμού δεν άντεξε στη βία και την καταπίεση και εξαφανίσθηκε για πάντα από τον κορμό του Έθνους, εκτός από μερικές νησίδες στις πόλεις και τα μεγάλα χωριά. Έτσι, οι μεγάλοι πληθυσμοί που σώθηκαν ήταν αυτοί του ανατολικού Πόντου. Κι αυτό γιατί συγκεντρώθηκαν γύρω από τα μεγάλα μοναστήρια, όπως της Παναγίας Σουμελά, του Αγίου Γεωργίου Περιστερεώτα και του Αγίου Ιωάννη Βαζελών, και κυρίως γύρω από τα μεγάλα μεταλλεία, όπως της Αργυρούπολης και της Νικόπολης, στα οποία ο Σουλτάνος έδωσε ειδικά προνόμια για να μπορούν να χρησιμοποιούνται οι μοναδικοί και αναντικατάστατοι Πόντιοι μεταλλουργοί. Γενικά ο ελληνισμός του Πόντου διατήρησε τις παραδόσεις του, τους θρύλους του, τα παραμύθια του, τα τραγούδια του, τους χορούς του, τα ήθη και τα έθιμά του. Διατήρησε την έφεση για μάθηση και παιδεία, ιδρύοντας σχολεία και γυμνάσια, διατήρησε την κοινοτική του αυτοδιοίκηση. Όλα αυτά, μαζί με τα διάφορα προνόμια που παραχώρησαν οι κατά καιρούς Σουλτάνοι, επέτρεψαν στον ελληνισμό του Πόντου να επιβιώσει και να προοδεύσει. Συγκεκριμένα όπως ο Πατριάρχης, έτσι και οι κατά καιρούς Μητροπολίτες αναγνωρίσθηκαν από τους Τούρκους, από τα πρώτα κιόλας χρόνια έπειτα από την άλωση της Τραπεζούντας ως εθνάρχες, με την έννοια αρχηγών θρησκευτικού έθνους, του Έθνους των Ρούμ ή Ρωμαίων, όπως ονομάζονταν όλοι οι ορθόδοξοι χριστιανοί στην Ανατολή. Έτσι μετά την κατάλυση του ελληνικού κράτους της Τραπεζούντας, απέμεινε να συγκρατεί και να διατηρεί την ελπίδα για την εθνική επιβίωση και την ενότητα των ορθοδόξων η θρησκεία. Αξίζει να σημειωθεί ότι, τη θρησκευτική και κοινοτική οργάνωση, που υπήρχε επί Βυζαντίου την αναγνώρισε ο Μωάμεθ Β' προσθέτοντας μάλιστα περισσότερα προνόμια και δικαιώματα στην εκκλησία. Κι αυτά τα προνόμια και τα δικαιώματα δεν τα έδωσε ο Πορθητής από μεγαλοψυχία ή από ευλάβεια όπως μας εξηγεί ο ιστορικός Φραντζής, αλλά για να κατοικήσουν μέσα στις ερημωμένες από τον πόλεμο πόλεις.
Έτσι η ορθόδοξη εκκλησία με την οργάνωσή της έγινε κράτος εν κράτει, και μάλιστα με την ανοχή του Σουλτάνου. Τα προνόμια της εκκλησιαστικής αυτονομίας επέτρεπαν στους ιεράρχες και στα μέλη της εκκλησίας, την απόλυτη ελευθερία στη διοργάνωση του πολιτεύματός της, στη διοίκηση και την ανεξέλεγκτη διαχείριση της εκκλησιαστικής περιουσίας. Τα προνόμια της θρησκευτικής αυτονομίας επέτρεπαν στην εκκλησία την πλήρη ελευθερία στην άσκηση της λατρείας και της σχετικής μ' αυτή φιλανθρωπίας. Επίσης επέτρεπαν την ελεύθερη χρήση και καλλιέργεια της γλώσσας και της παιδείας, καθώς και τη δικαστική αυτονομία. Οι κατά τόπους Μητροπολίτες, όπως συνέβαινε και με το Οικουμενικό Πατριαρχείο, είχαν το δικαίωμα να δικάζουν τις προσωπικές υποθέσεις των ομοεθνών τους, όσες σχετίζονταν με το γάμο, τα διαζύγια, τη διατροφή, την προίκα, την κληρονομιά, αλλά και να ερμηνεύουν το θρησκευτικό νόμο που τα ρύθμιζε όλα αυτά. Και ο οποίος νόμος ήταν το Βυζαντινό Δίκαιο. Απ' την άλλη πλευρά οι χριστιανοί σύμφωνα με την παράδοση που κληρονόμησαν από το Βυζάντιο, αναφέρονταν στους αρχιερείς για όλες τις υποθέσεις του ενοχικού δικαίου, ακόμα και του ποινικού. Τέλος, η εκκλησία είχε το δικαίωμα και της φυλάκισης του ενόχου, γι αυτό μέσα σε κάθε Μητρόπολη υπήρχαν και φυλακές. Και συνέβαινε και τούτο το παράδοξο. Όσοι χριστιανοί φοβόταν τη δικαιοσύνη του εκκλησιαστικού δικαστηρίου και προσέφευγαν στον Τούρκο Καδή και στα "πολιτικά" ή δημόσια δικαστήρια των Τούρκων, τιμωρούνταν από την εκκλησία με "εξωεκκλησιασμό", δηλαδή με αποκλεισμό από την εκκλησία. Κάποτε συνέβαινε και το πλέον παράδοξο: μουσουλμάνοι και Αρμένιοι της Τραπεζούντας όταν είχαν διαφορές με χριστιανούς, προσέφευγαν στο ορθόδοξο εκκλησιαστικό δικαστήριο της Μητρόπολης και όχι στο Τουρκικό πολιτικό, και συμμορφώνονταν με τις αποφάσεις του. Ως εφετείο και Άρειος Πάγος για τις υποθέσεις που είχαν δικαστεί στις Μητροπόλεις, χρησιμοποιούνταν το Οικουμενικό Πατριαρχείο, το οποίο ήταν και το κέντρο κάθε κίνησης και ζωής του υπόδουλου ελληνισμού. Αλλά, και η κοινοτική αυτοδιοίκηση έπαιξε τον εθνικό συσπειρωτικό ρόλο της. Γιατί, όπως τον καιρό του Βυζαντίου έτσι και στην Τουρκοκρατία, τα χωριά της κάθε εκκλησιαστικής επαρχίας, οι κωμοπόλεις και οι πόλεις, είχαν τους προϊσταμένους τους, τους "πρωτόγερους" ή "δημογέροντες". Είχαν τα συμβούλια της δημογεροντίας που τα αποτελούσαν ο μουχτάρης (πρόεδρος του χωριού) και οι σύμβουλοι (αζάδες), οι οποίοι όλοι είναι αιρετά πρόσωπα. Εξάλλου, οι "χωρίτες" πλήρωναν τους φόρους είτε αμέσως στο δημόσιο εισπράκτορα, είτε το πιο συχνά, με τη μεσολάβηση των δημογερόντων. Για τα εκκλησιαστικά και εκπαιδευτικά πράγματα της κοινότητας κάθε χωριού, υπεύθυνος ήταν ο επίτροπος της εκκλησίας, οι έφοροι του σχολείου και ο παπάς, οι οποίοι ενισχύονταν και από τους δημογέροντες. Και αυτοί όλοι ήταν επίσης αιρετοί. Ανώτατος άρχοντας και εδώ ήταν ο Μητροπολίτης της επαρχίας, ο οποίος και έκανε έλεγχο, έδινε οδηγίες και συμβίβαζε τις διαφορές επί τόπου, κάνοντας ετήσιες περιοδείες στα χωριά. Είναι τελικά τόσο μεγάλη και μακραίωνη η ιστορία αυτού του τόπου και του λαού, ώστε δε φτάνουν πολλές σελίδες για να καταγραφεί. Σ' αυτήν την παρουσίαση επιχειρήσαμε μια συνοπτική αναφορά, μιας και η "επίσημη" ιστορία της πατρίδας μας, αρνείται πεισματικά να μας δώσει τις ελάχιστες πληροφορίες, εξυπηρετώντας άραγε πιο απατηλό όνειρο ελληνοτουρκικής φιλίας.